中国的蒙古人是忽必烈系的吗？

不是，

蒙古民族的起源，多数人认为是出自东胡，东胡是跟匈奴在同一时期的游牧民族。公元四世纪，游牧于兴安岭以西的一支鲜卑人，被称为“室韦”。而“蒙古”的称谓，最早见于《旧唐书》，此时，他们被称作“蒙兀室韦”，“蒙兀”，就是蒙古在历史文献中最早的记载。此时的蒙古，尚且属于庞大的室韦诸部中的一员。

到了公元十二世纪，随着蒙兀室韦的发展，氏族和人数逐渐增多，他们分布于克鲁伦河、鄂嫩河、肯特山等地。到公元九世纪时，随着黠戛斯人的南下，回鹘人被迫西迁，蒙古族的先人们趁虚而入，大举迁入漠北草原，并逐步发展壮大。

不一定全是，因为成吉思汗不止忽必烈一个孙子

《阿拉坦汗传》是哪个民族的历史文献

土默特部
它以诗文形式叙述了从成吉思汗到阿拉坦汗(亦称俺答汗),从阿拉坦汗到他孙子阿穆岱辰洪台数百年间蒙古地区发生的重大...阿拉坦汗(公元1507-1582年)是成吉思汗黄金家族后裔,蒙古史上称土默特汗,明代曾封他为顺义王。

求一些有关蒙古和元朝的历史书籍和小说。

小说我看得比较少，关于蒙古史的小说，我知道的有朱耀廷写的《忽必烈》和《大元帝师八思巴》。另外，《元朝那些事》也可以，不过好像只出了成吉思汗一卷。
历史书籍我看过的多一些，但是不建议直接去看《元史》，还有志费尼的《世界征服者史》，这些书的年代比较久远，有些地方有谬误。推荐你几本：
1.《成吉思汗传》，朱耀廷，人民出版社
2.《蒙元帝国》，朱耀廷，人民出版社
3.《忽必烈传》，李治安，人民出版社
4.《蒙古秘史》，卓越有卖的，不过很贵，好像是60多块钱，是窝阔台汗时期一位不知名的作者写的，是研究元史的基本资料。
还有，就是要说一下外国人写的关于蒙古史的作品，我看过儒勒.格鲁塞的《成吉思汗》和《草原帝国》，感觉明显不如朱耀廷老师的书，而且翻译很差，建议不要看。